在城鎮化快速發展過程中，也存在一些必須高度重視并著力解決的突出矛盾和問題。
　　——大量農業轉移人口難以融入城市社會，市民化進程滯后。目前農民工已成為我國產業工人的主體，受城鄉分割的戶籍制度影響，被統計為城鎮人口的2.34億農民工及其隨遷家屬，未能在教育、就業、醫療、養老、保障性住房等方面享受城鎮居民的基本公共服務，產城融合不緊密，產業集聚與人口集聚不同步，城鎮化滯后于工業化。城鎮內部出現新的二元矛盾，農村留守兒童、婦女和老人問題日益凸顯，給經濟社會發展帶來諸多風險隱患。 　 　　——“土地城鎮化”快于人口城鎮化，建設用地粗放低效。一些城市“攤大餅”式擴張，過分追求寬馬路、大廣場，新城新區、開發區和工業園區占地過大，建成區人口密度偏低。1996—2012年，全國建設用地年均增加724萬畝，其中城鎮建設用地年均增加357萬畝；2010—2012年，全國建設用地年均增加953萬畝，其中城鎮建設用地年均增加515萬畝。2000—2011年，城鎮建成區面積增長76.4%，遠高于城鎮人口50.5%的增長速度；農村人口減少1.33億人，農村居民點用地卻增加了3045萬畝。一些地方過度依賴土地出讓收入和土地抵押融資推進城鎮建設，加劇了土地粗放利用，浪費了大量耕地資源，威脅到國家糧食安全和生態安全，也加大了地方政府性債務等財政金融風險。
　　——城鎮空間分布和規模結構不合理，與資源環境承載能力不匹配。東部一些城鎮密集地區資源環境約束趨緊，中西部資源環境承載能力較強地區的城鎮化潛力有待挖掘；城市群布局不盡合理，城市群內部分工協作不夠、集群效率不高；部分特大城市主城區人口壓力偏大，與綜合承載能力之間的矛盾加劇；中小城市集聚產業和人口不足，潛力沒有得到充分發揮；小城鎮數量多、規模小、服務功能弱，這些都增加了經濟社會和生態環境成本。
　　——城市管理服務水平不高，“城市病”問題日益突出。一些城市空間無序開發、人口過度集聚，重經濟發展、輕環境保護，重城市建設、輕管理服務，交通擁堵問題嚴重，公共安全事件頻發，城市污水和垃圾處理能力不足，大氣、水、土壤等環境污染加劇，城市管理運行效率不高，公共服務供給能力不足，城中村和城鄉接合部等外來人口集聚區人居環境較差。
　　——自然歷史文化遺產保護不力，城鄉建設缺乏特色。一些城市景觀結構與所處區域的自然地理特征不協調，部分城市貪大求洋、照搬照抄，脫離實際建設國際大都市，“建設性”破壞不斷蔓延，城市的自然和文化個性被破壞。一些農村地區大拆大建，照搬城市小區模式建設新農村，簡單用城市元素與風格取代傳統民居和田園風光，導致鄉土特色和民俗文化流失。
　　——體制機制不健全，阻礙了城鎮化健康發展。現行城鄉分割的戶籍管理、土地管理、社會保障制度，以及財稅金融、行政管理等制度，固化著已經形成的城鄉利益失衡格局，制約著農業轉移人口市民化，阻礙著城鄉發展一體化。